Hat der Staatsanwalt es in der Hand, wie das Verfahren läuft?

In vielerlei Hinsicht ja.

Die Staatsanwaltschaft entscheidet weitestgehend frei, ob und wie sie ermittelt und wie sie ein Verfahren zu Ende bringt (Einstellung, Strafbefehl, Anklage). Die StPO ist vom Offizialgrundsatz mittlerweile weitgehend abgewichen und lässt viele Ermessensentscheidungen zu.

Allerdings darf man den Sitzungsvertreter der Staatsanwaltschaft in der Hauptverhandlung nicht mit dem ermittelnden Staatsanwalt verwechseln. Diese können durchaus personenverschieden sein. Und zudem unterstehen beide dem Gruppenleiter oder anderen Dienstvorgesetzten. Diese haben häufig feste Vorschriften, wie bestimmten Verfahrenskategorien zu erledigen sind.